Os índios Tupinambás foram os primeiros habitantes da região de Ubatuba. Eram excelentes canoeiros e viviam em paz com os índios do planalto, até a chegada dos portugueses e franceses, que tentaram escravizar os índios, com o intuito de colonização.
     Os Tupinambás e Tupiniquins organizaram-se, formando a “Confederação dos Tamoios” e passaram a enfrentar os portugueses (Tamoio é uma palavra da língua falada pelos Tupinambás, que significa “o mais antigo, o dono da terra”, portanto a Confederação era a união dos índios, verdadeiros donos da terra).
     A história de Ubatuba começa em 1563, quando o Padre Anchieta promove junto aos índios liderados por Cunhambebe, a chamada Paz de Iperoig, que impediu os silvícolas de destruir as Vilas de São Paulo e São Vicente.
     Com a paz firmada, o Governador Geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tomou providências para colonizar a região, enviando os primeiros moradores para garantir a posse da terra para a Coroa Portuguesa.
     O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de Vila em 28 de Outubro de 1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem da Costa.
     Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte. A pobreza enfrentada pelos primeiros povoadores da região permanece até o final do séc. XVIII quando a plantação de cana-de-açúcar permite pela primeira vez que Ubatuba tenha uma economia significativa. Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transforma em produtora de aguardente e açúcar para o abastecimento das áreas de Minas Gerais, que experimentava um novo surto do progresso. A Vila de Ubatuba deixa de ter apenas a agricultura de subsistência.
     Em 1787, o presidente da Província de São Paulo, Bernardo José de Lorena, decretou que todas as embarcações do litoral seriam obrigadas a se dirigir ao porto de Santos, onde os preços obtidos pelas mercadorias eram mais baixos. A partir dessa pressão do governo, Ubatuba entra em franca decadência e muitos produtores abandonaram os canaviais. Os que ficaram passaram a cultivar apenas o necessário para a subsistência.
     A situação só melhorou a partir de 1808 com a abertura dos portos. A medida beneficiou diretamente a então Vila de Ubatuba. O comércio ganha impulso inicialmente com o cultivo do café no próprio município, enviado para o Rio de Janeiro. Todavia, o café se expande para todo o Vale do Paraíba e Ubatuba passa a ser o grande porto exportador, privilegiada mais ainda pela estrada Ubatuba-Taubaté.
     Ubatuba nessa época ocupava o primeiro lugar na renda municipal do Estado. Novas ruas são abertas, o urbanismo, no sentido moderno, alcança o município. São criados o cemitério, novas igrejas, um teatro, chafariz com água encanada, mercado municipal, e novas construções para abrigar a elite local, dentre as quais o sobrado de Manoel Baltazar da Costa Fortes, hoje sede da Fundart. É nesse apogeu que Ubatuba é elevada a categoria de cidade em 1855 e em 1872 foi elevada a comarca, juntamente com São José dos Campos. Nesse ano tinha 7.565 habitantes.
     As grandes construções datam desse período, o prédio da atual Câmara Municipal e a Igreja Matriz. Pouco mais tarde, a partir de 1854, iniciou-se a construção da Santa Casa da Irmandade do Senhor dos Passos de Ubatuba.
     A construção da ferrovia Santos-Jundiaí, aliada à economia cafeeira que, se por um lado permitiu que a Vila alcançasse o status de cidade, por outro, levou o município a seu declínio, quando o café deslocou-se para o Oeste Paulista, provocando a decadência econômica do Vale do Paraíba e conseqüentemente, de Ubatuba, porto de exportação.
     De 1870 a 1932 Ubatuba ficou isolada e decadente, as terras desvalorizaram-se, as grandes residências transformaram-se em ruínas. Em 1940 Ubatuba se resumia a 3.227 habitantes.
     Depois de um longo período, após a Revolução Constitucionalista de 1932, com o objetivo de integrar a região, cujo isolamento ficou patente no conflito, o Governo Estadual promoveu melhorias na Rodovia Osvaldo Cruz (Ubatuba-Taubaté), passando a cidade a contar com uma ligação permanente com o Vale do Paraíba. Com a re-abertura da estrada, inicia-se um novo desenvolvimento econômico: o turismo.
     No início da década de cinqüenta, com a abertura da SP55, Ubatuba-Caraguatatuba, itensifica-se o turismo e a especulação imobiliária. Em 1967 Ubatuba é elevada a categoria de Estância Balneária e culmina com a abertura da Rio-Santos em 1975, quando o turismo se torna a maior fonte de renda do município.
     Atualmente a cidade está em franca expansão comercial, tornando-se cada vez mais um município com características modernas e perdendo aquele "ar" colonial.